در پی آلودگی رودخانه جیغاتی و سخت‌تر شدن شرایط زیستی، تعداد زیادی از آبزیان از جمله هزاران قطعه ماهی تلف شدند.
با ورود پساب‌های خانگی و صنعتی به مسیر رودخانه که طی سال‌های اخیر در اثر کاهش میزان بارندگی و دبی آب رودخانه شتاب بیشتری به خود گرفته، اکوسیستم طبیعی منطقه دچار دگرگونی‌های بسیاری شده و تراکم زیستی آن رو به کاهش نهاده است.
مسئولان دولت مرکزی تهران نیز در رده‌های مختلف حاکمیتی همواره با انکار وجود مسائل و مشکلات زیست محیطی در سطح منطقه، به جای تلاش در جهت رفع این مشکلات، دشمنی خود را با آزربایجان به منصه ظهور گذشته اند به طوری که ناصر امیری فرماندار قوشاچای (میاندواب) با خودداری از دادن پاسخ قطعی به سوال خبرنگار مهر در خصوص علت مرگ و میر ماهیان زرینه رود در سال‌های اخیر گفت: «موضوع توسط کارشناسان محیط زیست، آب منطقه ای استان و نیز مسئولان کارخانه قند میاندوآب در دست بررسی است.»
