فعالیت‌های کمیته بین‌المللی صلیب سرخ همواره تردیدها و سوالات خاصی را ایجاد کرده است.

در جریان مناقشه سابق قاراباغ، اسرار زیادی پیرامون فعالیت‌های این سازمان وجود داشت. به ویژه، موضع کمیته بین‌المللی صلیب سرخ در قبال سرنوشت اسرا و گروگان‌های آذربایجانی کم تاثیر نبود. سرنوشت بیش از ۴ هزار آذربایجانی که در مناقشه گذشته قاراباغ توسط ارمنستان اسیر و گروگان گرفته شده بودند، هنوز در نتیجه فعالیت ناقص، غیرمسئولانه و غیرشفاف کمیته بین المللی صلیب سرخ نامعلوم است.

در عین حال، کمیته بین‌المللی صلیب سرخ یکی از سازمان‌هایی بود که با دولت آذربایجان کنار نیامد و مخفیانه با جدایی‌طلبان قاراباغ همکاری می‌کرد و حاکمیت و تمامیت ارضی آذربایجآن را نقض می کرد.