سعید خطیب‌زاده سخنگوی وزارت امور خارجه ایران در پاسخ به سوال خبرنگار شبکه سحر در مورد کنگره شوشا و سخنان بعدی پرزیدنت علی اف گفت:

ایران و جمهوری آزربایجان تلاش کردند طی چند ماه گذشته که از این سوءتفاهم‌هایی که بعضا در حوزه فضای رسانه ای یا با نقل قول‌هایی که انجام می‌شود عبور کنند ایران تمام موارد خود را از طریق مجاری خودش هم به سفارت آزربایجان در تهران و هم از طریق وزارت خارجه آزربایجان در محل بیان کرده است. تلاش کردیم به عنوان ایران برخی اشتباهاتی که از سوی هر کدام از همسایگان رخ می‌دهد با نگاه برادرانه و مصلحانه اصلاح کنیم. مطمئنم جای اظهارات در ملاقات‌هاست. اگر سرویس اطلاعاتی کشوری اطلاع خاصی را دارد در چارچوب قضایی و مراودات معمول انجام دهد.

شایان ذکر است بعد از پنجمین کنگره آزربایجانیهای جهان که در شوشا برگزار شد و تعدادی از فعالین سرشناس آزربایجان جنوبی در میان مدوعین بودند، رسانه های فارسی موجی از حملات را علیه آزربایجان ایجاد کردند. ولی دولت ایران برعکس کنگره‌های پیشین که عکس‌العمل‌های تندی نشان داده بود، سعی کرد خونسردی ظاهری خود را حفظ کند. ولی در عین حال برخی گزارشات حاکی از آن بود که دولت ایران بدون رسانه‌‌‌ای کردن موضوع اعتراضات جدی خود را به دولت آزربایجان منتقل کرده است. اظهارات اخیر خطیب‌زاده این گزارشات را تایید کرده است.