به گزارش برخی منابع، مهدی هاشمی رفسنجانی پسر بزرگ  اکبر هاشمی رفسنجانی که در هنگام مرگ پدر، در زندان اوین، دوران حبس خود را می گذراند و اکنون جهت شرکت در مراسم دفن پدر تحت نظر نیروی انتظامی از زندان خارج شده است، دیروز در مقابل درب بیمارستان شهدای تجریش تهران، در میان تجمع کثیر طرفداران هاشمی در آن محل، با صدای بلند گفته است: “پدرم را کشتند”.

از دیگر سو، طرفداران هاشمی رفسنجانی در همان لحظات اول اعلام مرگش، تقاضای کالبدشکافی وی را مطرح نموده اند که با مخالفت صریح سران نظام روبرو شده است.
فرزندان هاشمی رفسنجانی در طی سالهای اخیر به بهانه های متفاوت ممنوع الخروج و حتی زندانی شده اند.

مخالفتها با هاشمی رفسنجانی که از سوی برخی از سیاسیون از وی به عنوان “جعبه سیاه نظام” نامبرده می شود، طی سالهای اخیر رنگ آشکاری بخود گرفته بود، رفسنجانی نیز مخالفتهای خود را به ویژه با شخص خامنه ای آشکار کرده بود و گاها وی و طرفدارانش را به بازگشت به مسیر و خط مشی خمینی و خواندن وصیت نامه اش، توصیه می نمود.

سخنان خامنه ای در پیام تسلیت به مناسبت مرگ رفسنجانی نیز جالب توجه است.علی خامنه‌ای رهبر جمهوری اسلامی ایران در پیام تسلیتی که به مناسبت درگذشت اکبر هاشمی رفسنجانی صادر کرد، از اختلاف‌هایش با او به ویژه در سال‌های اخیر سخن گفت.

خامنه‌ای، در پیام تسلیت خود، از هاشمی رفسنجانی با لقب «حجت الاسلام» و برخلاف آن‌چه شناخته شده است، از به کار بردن لقب «آیت‌الله» امتناع کرد.

در پیام تسلیت خامنه‌ای آمده است:‌«با دریغ و تأسف خبر درگذشت ناگهانی رفیق دیرین، و همسنگر و همگام دوران مبارزات نهضت اسلامی، و همکار نزدیک سال‌های متمادی در عهد جمهوری اسلامی جناب حجت‌الاسلام والمسلمین آقای حاج شیخ اکبر هاشمی رفسنجانی را دریافت کردم».

روزنامه کیهان در شماره روز ١٠ دی ١٣٩۵ در بخش “یاداشت روز” هاشمی رفسنجانی را طلویحا “غده چرکین و بدخیم” نظام نامید.

نویسنده این نوشته حسین شمسیان است ، او در نوشته خود هاشمی رفسنجانی را نماد و بنیانگذار مدیریت اشرافی در ایران پس از انقلاب مینامد و در پی آن دولت روحانی را نیز ادامه دهنده این نوع مدیریت میخواند.
پس از حوادث سال ۱۳۸۸ شمسی، خامنه‌ای افرادی همچون هاشمی رفسنجانی که منتقد سیاست‌هایش در برخورد با معترضان بودند را «خواص بی بصیرت» توصیف کرد.

روز جمعه ۶ خرداد ماه ۱۳۹۵ شمسی، درگیریهای خونین میان طلاب طرفدار رفسنجانی و نیروهای انصار حزب الله و بسیجی های حامی خامنه ای روی داده است. بر طبق اخبار منتشره، بین طلاب طرفدار رفسنجانی توسط نیرویهای انصار حزب الله، ضرب و شتم خونین رخ داده است و طی آن تعدادی از طلاب بشدت زخمی و مشروح شدند.

۲۰۵ تن از اعضای مجلس شورای اسلامی اظهارات رفسنجانی در مورد موشک را ناآگاهی و خیانت خوانده و آن را هم‌سخنی با اوباما و همراهی با اسرائیل دانستند. اعضای مجلس از طفداران علی خامنه‌ای در بیانیه خود، هرگونه اقدام در جهت تضعیف برنامه موشکی را محکوم کردند.

مجموع این مسائل و برخی مسائل دیگر، برخی از مفسرین مسائل سیاسی ایران را بر این عقیده واداشته است که رفسنجانی نه به مرگ طبیعی، بلکه با نقشه قبلی و به علت مسمومیت با روشهای خاص از سوی جناحهای تندرو نظام کشته شده باشد. زیرا در زمان مرگ وی تیم پزشکی رفسنجانی وی را همراهی نمی کردند.

سابقه قتل و ترورهای سیاسی مخالفین داخلی و خارجی خامنه ای و جناح تندرو و منتقدین، تنها به مرگ مشکوک رفسنجانی محدود نمی شود، مرگ داریوش فروهر و احمد خمینی، نوه خمینی نیز نمونه ای دیگر از مرگ عمدی منتقدین خامنه ای می باشد.

حصر خانگی منتظری، کروبی و موسوی نیز نمونه ای دیگر از حذف منتقدین و مخالفین خامنه ای می باشد.

سید حسین کاظمینی بروجردی ، روحانی ایرانی، زندانی سیاسی و از مخالفان تئوری ولایت فقیه است. وی مخالف دخالت دین در سیاست و طرفدار جدایی دین از دولت است که در مهر ۱۳۸۵ بازداشت و به ۱۱ سال زندان محکوم شد.

ادعا می‌شود پدر او، سید محمد علی کاظمینی بروجردی در سال ۱۳۸۱ توسط ماموران امنیتی به قتل رسیده‌است پس از قتل پدرش فعالیت‌های سیاسی او علیه جمهوری اسلامی ایران شدت گرفت.