در شب ۲۵ و ۲۶ فوریه ۱۹۹۲، واحدهای نظامی ارمنستان با کمک هنگ ۳۶۶ پیاده نظام روسیه خوجالی را اشغال کردند و علیه مردم غیرنظامی آذربایجانی نسل کشی کردند.

در تاریخ ۲۵ فوریه ۱۹۹۲، نیروهای مسلح ارمنستان با کمک خودروهای زرهی و پرسنل نظامی روسیه مستقر در خانکندی از دوران اتحاد جماهیر شوروی به شهر خوجالی حمله کردند. ۲۵۰۰ نفر از ساکنان شهر محاصره شده برای فرار به سمت آغدام حرکت کردند. با این حال، ارامنه کمین کردند و غیرنظامیان را تیرباران کردند. در نتیجه نسل کشی خوجالی، ۶۱۳ نفر از اهالی خوجالی، از جمله ۶۳ کودک، ۱۰۶ زن، ۷۰ فرد مسن کشته شدند، ۸ خانواده به طور کامل نابود شدند، ۲۵ کودک هر دو والدین خود را از دست دادند و ۱۳۰ کودک یک پدر و مادر خود را از دست دادند. ۴۸۷ نفر از جمله ۷۶ کودک بر اثر گلوله‌های دشمن زخمی شدند. ۱۲۷۵ نفر اسیر شدند. هنوز سرنوشت ۱۵۰ گروگان از جمله ۶۸ زن و ۲۶ کودک مشخص نیست.

بر اساس تخمین‌های رسمی، حدود ۱۷۰ میلیون دلار به دلیل تخریب و غارت اموال دولتی و خصوصی در ارتباط با اشغال خوجالی توسط نیروهای مسلح غیرقانونی ارمنستان، به دولت و شهروندان آذربایجان خسارت وارد شد.

بنای یادبود قربانیان نسل کشی خوجالی در سال ۱۹۹۳ در منطقه ختایی باکو بنا شد. در سال ۱۹۹۴، به ابتکار حیدر علی اف، مجلس ملی قطعنامه ویژه‌ای را تصویب کرد.

سالگرد نسل کشی خوجالی هرساله در آذربایجان و بسیاری از کشورهای جهان گرامی داشته می‌شود. هرساله، در تاریخ ۲۶ فوریه، سفارتخانه‌های آذربایجان و سازمان‌های دیاسپورا مراسم و کنفرانس‌های بزرگداشتی را در کشورهای محل فعالیت خود ترتیب می‌دهند. در این رویدادها، غرفه‌های عکس منعکس کننده قساوت‌های ارمنیان در خوجالی، مستندها و کتاب‌های منعکس کننده واقعیت‌های نسل کشی به نمایش گذاشته می‌شود.

پارلمان‌های ۱۶ کشور و همچنین سازمان همکاری اسلامی قطعنامه‌ای را در رابطه با به رسمیت شناختن نسل کشی خوجالی تصویب کرده‌اند.